Dissertação
Título	Diversidade genética de pimentas do gênero Capsicum utilizando marcadores Td-RAPD-PCR
Autor	Visacre, Paulo Henrique Marquiori
Unidade	Pós-Graduação em Genética e Melhoramento
Área de Concentração	Genética e Melhoramento
Orientador	Claudete Aparecida Mangolin
Co-Orientador(es)	Maria de Fátima Pires da Silva Machado Maria Cláudia Colla Ruvolo Takasusuki
Banca Examinadora	Maria Cláudia Colla Ruvolo Takasusuki Claudete Aparecida Mangolin Angela Celis de Almeida Lopes
Data de Defesa	13/06/2012
Resumo	O presente estudo teve como objetivo estudar a diversidade genética em dez acessos do gênero Capsicum pertencentes ao Banco Ativo de Germoplasma da Universidade Federal do Piaui. Foram estudados acessos pertencentes às espécies Capsicum annuum var. annuum, C. annuum var. glabriusculum, C. baccatum var. pendulum e C. chinense. Utilizando o marcador touchdown (TD) RAPD-PCR foi avaliada de que maneira a diversidade genética está distribuída dentro e entre os acessos estudados. TD-RAPD-PCR oferece uma forma simples e rápida para otimizar PCRs, aumentando a especificidade, a sensibilidade e a reprodutibilidade, reduzindo a amplificação de artefatos, o que é comum para o RAPD. Para o estudo foram testados 83 primers para RAPD, destes primers, 20 foram selecionados conferindo um aproveitamento de 24,09 % para os primers avaliados. Os 20 primers selecionados foram aqueles que apresentaram maior número de bandas e reprodutibilidade dos fragmentos entre as amostras amplificadas. As reações de amplificações com os 20 primers resultaram em 333 fragmentos amplificados, com uma média de 16,65 fragmentos amplificados por primer. Dos fragmentos obtidos, 27 foram monomórficos e 306 polimórficos, conferindo, um polimorfismo total para os acessos estudados de 91,71 %. O maior polimorfismo foi encontrado dentro do acesso BAGC-59 (C. annuum var. glabriusculum) com 8,70 %, o menor polimorfismo foi observado para os acessos BAGC-06 (C. chinense) e BAGC- 26 (C. baccatum var. pendulum ) com 0,6 % dos fragmentos polimórficos. A análise de variância molecular mostrou que dos dez acessos estudados o acesso BAGC-11 (C. annuum var. glabriusculum) é o que apresentou a maior variância molecular (52,625), e que a maior parte da variação molecular foi observada entre os acessos analisados (95%), a variação dentro de cada acesso foi pequena, sendo de 5%. O valor GST de 0,9553 indicou uma alta divergência genética entre os acessos. A maior identidade genética de Nei foi observada entre os acessos BAGC-23 (C. chinense) e BAGC-24 (C. chinense), com 91,83 % de similaridade, a menor similaridade genética foi observada entre os acessos BAGC-26 (C. baccatum var. pendulum) e BAGC-67 (C. annuum var.glabriusculum) com 44,46%. Esta avaliação permitiu a separação de todos os acessos e a organização de três grupos, no primeiro estão presentes os acessos de Capsicum annuum var. annuum e C. annuum var. glabriusculum, o segundo é composto pelos acessos de C. chinense e o último foi formado pelo acesso de C. baccatum var. pendulum. O marcador Td-RAPDPCR foi eficiente para discriminar os acessos estudados de Capsicum do Banco Ativo de Germoplasma da UFPI e os nossos resultados mostraram que não há duplicatas entre os 10 acessos avaliados deste Banco Ativo e que portanto todos estes devem ser preservados.
Palavras-chave	Capsicum, Td-RAPD-PCR, Banco de germoplasma, diversidade genética.
Title
Abstract	The genetic diversity in ten accesses of the genus Capsicum at the Germplasm Bank of the Federal University of Piaui, Brazil, is provided. Accesses of the species Capsicum annuum var. annuum, C. annuum var. glabriusculum, C. baccatum var. pendulum and C. chinense were analyzed. The manner genetic diversity was distributed within and among the analyzed accesses was evaluated by Touchdown (TD) RAPD-PCR marker, which is a simple and fast method to optimize PCRs through an increase in specificity, sensitiveness and reproducibility and through a decrease in the amplification of artifacts common to RAPD. Eighty-three primers were tested for RAPD, of which 20, or 24.09%, of the evaluated primers were selected. The 20 selected primers had the greatest number of bands and reproducibility of fragments among the amplified samples. Amplification reactions produced 333 amplified fragments, an average of 16.65 amplified fragments per primer. There were 27 monomorphic and 306 polymorphic fragments, with a 91.71% of accesses for polymorphism. Access BAGC-59 (C. annuum var. glabriusculum) had the highest polymorphism, with 8.70 %. The lowest polymorphism was reported for accesses BAGC-06 (C. chinense) and BAGC-26 (C. baccatum var. pendulum) with 0.6 % of polymorphic fragments. Analysis of molecular variance showed that, within the context of the 10 accesses under analysis, BAGC-11 (C.annuum var. glabriusculum) had the highest molecular variance (52.625) and that the greatest part of molecular variation was registered among the analyzed accesses (95%). Variation within each access was small, amounting to 5%. GST rate at 0.9553 indicated high genetic divergence among the accesses. Highest Nei’s genetic identity was reported between accesses BAGC-23 (C. chinense) and BAGC-24 (C. chinense), featuring 91.83% similarity, whereas the lowest genetic similarity was reported between accesses BAGC-26 (C. baccatum var. pendulum) and BAGC-67 (C. annuum var. glabriusculum), with 44.46%. Evaluation provided the division of all accesses and the organization of three groups. Accesses Capsicum annuum var. annuum and C. annuum var. glabriusculum featured in the first group; the second group was composed of the access C. chinense; the third group comprised the access C. baccatum var. pendulum. Td-RAPD-PCR marker efficiently discriminated the Capsicum accesses of the Germplasm Bank of the Federal University of Piaui, Brazil. Results showed that no duplicates were extant among the 10 accesses evaluated and that all should be conserved in the bank.
Key-words	Capsicum, Td-RAPD-PCR, Germplasm bank, genetic diversity.
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