Terça, 28 de maio de 2024.
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Dissertação
Título Sequenciamento de isolados da raça 65 de Colletotrichum lindemuthianum utili-zando as regiões ITS
Autor Coêlho, Marcela
Unidade Pós-Graduação em Genética e Melhoramento
Área de Concentração Genética e Melhoramento
Orientador Profª Drª Maria Celeste Gonçalves Vidigal
Co-Orientador(es) Dr. Marta Zulema Galván and Dr. Lorenna Lopes de Sousa.
Banca Examinadora Profª Drª Claudia Tomasella
Drª Lorenna Lopes de Sousa
Drª Giselly Figueiredo Lacanallo
Data de Defesa 27/10/2014
Resumo antracnose, causada por Colletotrichum lindemuthianum (Sacc & Magnus) Briosi e Cavara, é uma das mais sérias doenças do feijoeiro comum no mundo todo. A doença é controlada por meio da utilização de cultivares resistentes, mas novos patótipos representam um desafio para o sucesso da utilização desta estratégia. A raça 65 de C. lindemuthianum merece destaque por apresentar ampla variabilidade genética, sendo constatada sua presença em diversas regiões do Brasil e do mundo. Uma forma de detectar variabilidade genética em fitopatógenos é por meio da amplificação da região ITS (Espaçador Interno Transcrito) do DNA ribossômico (rDNA) via PCR. Desta forma o objetivo deste trabalho foi caracterizar isolados de C. lindemuthianum da raça 65 provenientes de diversas regiões do Brasil, por meio de sequenciamento de regiões ITS. Um total de 17 isolados da raça 65 provenientes dos estados de Mato Grosso, de Minas Gerais, do Paraná, de Santa Catarina e de São Paulo foram estudados. As análises das sequências dos isolados 8, 9, 12, 14, 15 pertencentes à raça 65, e das sequências da Race 2, R23, R23.19 (GenBank) revelaram a presença de dois SNPs na região ITS1 nas mesmas posições. Por sua vez, as sequências destes mesmos isolados quando analisadas juntamente com a sequência do isolado 17 da raça 65 apresentaram um SNP na região ITS2. As sequências dos isolados 2 oriundo do Mato Grosso, 5 coletado no Paraná, 6, 7, 10 e 11 de Santa Catarina e as sequências retiradas do GenBank, Race 17, Race 23, Race 31, Race 73, Race 89, Race 1096, Isolado Rec15, Isolado R2047 e Isolado MAFF 305390, quando analisadas em conjunto não revelaram a presença de SNPs. A maior dissimilaridade foi observada entre o isolado 16 da raça 65, oriundo do estado de São Paulo, e os demais isolados da raça 65 e as sequências obtidas no banco de dados GenBank. Ressalta-se que o isolado 16 exibiu a presença de 3 SNPs na região ITS2 e 1 SNP no gene 5.8S. A árvore filogenética obtida com base nas sequências das regiões ITS1 e ITS2 revelou a formação de dois grupos. Um dos grupos contendo a maioria dos isolados da raça 65 oriundos de Santa Catarina pertencentes, apresentou um subgrupo contendo as raças 23, 31, 73 e 1096 juntamente com um outro isolado de Santa Catarina. A maior dissimilaridade genética foi observada entre os isolados 10 e 11 provenientes de Santa Catarina, cuja magnitude de foi de 0,772. Por sua vez, os isolados mais similares foram o 2 e 7, com valor de distância genética de 0,002, coletados no Mato Grosso e em Santa Catarina, respectivamente. Os resultados obtidos no presente trabalho revelaram a existência de elevada variabilidade genética entre e dentro da raça 65 por meio de análises das regiões ITS.
Palavras-chave Antracnose; Colletotrichum lindemuthianum; Regiões ITS.
Title
Abstract Anthracnose, caused by Colletotrichum lindemuthianum (Sacc & Magnus) Briosi and Cavara, is one of the most serious diseases of common bean in the worldwide. The disease is managed through deployment of resistant cultivars, but new pathotypes present a challenge to the successful implementation of this strategy. The race 65 of C. lindemuthianum deserves attention by presenting great variability, being confirmed its presence in various regions of Brazil and the world. One way to detect genetic variability in plant pathogens is by amplifying the ITS region (Internal Transcribed Spacer) ribosomal DNA (rDNA) by PCR. Thus, the objective of this study was to characterize isolates of C. lindemuthianum race 65 from different regions of Brazil through sequencing of ITS regions. A total of 17 isolates of race 65 from the states of Mato Grosso, Minas Gerais, Paraná, Santa Catarina and São Paulo were studied. Sequence analyzes of isolates 8, 9, 12, 14, 15 belonging to the race 65, and the sequences of Race 2, R23, R23.19 obtained from GenBank revealed the presence of two SNPs in the region ITS1 in the same positions In turn, the sequences of these same isolates when analyzed together with the sequence of the isolate 17 of the race 65 revealed the presence of a SNP in the ITS2 region. The sequence of isolate 2 from Mato Grosso, isolate 5 collected in Paraná, 6 , 7 , 10 and 11 from Santa Catarina and sequences of Race 17, Race 23, Race 31, Race 73, Race 89, Race 1096, Rec15, R2047 e MAFF 305390 obtained from the GeneBank database when analyzed together did not the present SNPs. The greatest genetic divergence was observed among isolate of race 16 of the race 65 from São Paulo and the others isolates of race 65 and the sequences obtained from the GenBank database. It is noteworthy that the isolated 16 showed the presence of three SNPs in the ITS2 region and one SNP in the 5.8S gene. The phylogenetic tree obtained on the basis sequences of the ITS1 and ITS2 regions revealed the formation of two groups. One group containing most isolates of race 65 from Santa Catarina presented a subgroup containing the races 23, 31, 73 and 1096 with another isolate from Santa Catarina. The greatest genetic divergence was observed among isolates 10 and 11 from Santa Catarina, which magnitude was 0.772. However, the isolates more similar were 2 and 7, with genetic distance value of 0.002, they are from Mato Grosso and Santa Catarina, respectively. The results obtained in this study revealed the existence of high genetic variability among and within the race 65 through analysis of the ITS regions.
Key-words Anthracnose; Colletotrichum lindemuthianum, ITS Regions.
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