Tese
Título	Marcadores moleculares baseados em retrotransposons e marcadores EST-SSR para a caracterização genética e análise da variação somaclonal de mandioca (Manihot esculenta Crantz)
Autor	Kuhn, Betty Cristiane
Unidade	Pós-Graduação em Genética e Melhoramento
Área de Concentração	Genética e Melhoramento
Orientador	Maria de Fátima Pires da Silva Machado
Co-Orientador(es)	Claudete Aparecida Mangolin e Eliezer Rodrigues de Souto.
Banca Examinadora	Claudete Aparecida Mangolin Sandra Aparecida de Oliveira Collet Nelson da Silva Fonseca Junior Marco Antonio Sedrez Rangel
Data de Defesa	26/03/2015
Resumo	A proposta no presente estudo foi estabelecer as condições adequadas para a multiplicação clonal de variedades de mandioca (Manihot esculenta Crantz) de interesse agronômico e industrial, indexadas para o Vírus Comum do Mosaico da Mandioca (CsCMV), e monitorar a estabilidade genética dos clones usando marcadores moleculares. Para a obtenção dos clones, foram utilizados meristemas apicais de sete variedades de mandioca (Baianinha, Fécula Branca, Icaraíma, IPR União, Olho junto, Pioneira e Tamboara) inoculados em meio de cultura com tipos e concentrações diferentes de auxinas e com concentrações diferentes de 6-benziladenina e ácido giberélico. Os clones das diferentes variedades foram estabelecidos em meios de cultura suplementados com diferentes tipos de auxinas. Para a indexação de vírus, foram usados os testes PTA-ELISA e IC-RT-PCR (Immunocapture of CsCMV virions). Para monitorar a estabilidade genética, foram desenhados 12 primers baseados em LTR (Long Terminal Repeat) de retrotransposon: IRAP (Inter-Retrotransposon Amplified Polymorphism) e REMAP (Retrotransposon-Microssatellite Amplified Polymorphism) os quais se mostraram adequados para analisar sequências de DNA das variedades Olho Junto, Fécula Branca e IPR-União. Os primers para IRAP e REMAP foram utilizados juntamente com primers para sequências simples repetidas contidas em sequencias expressas de DNA (EST-SSR) do genoma de mandioca, para investigar a possibilidade de indução de variação somaclonal nos clones. O polimorfismo nas sequencias de DNA amplificadas com os primers para IRAP e REMAP foi três vezes maior que o polimorfismo detectado com os primers EST-SSR nos clones das variedades Fécula Branca, Olho Junto e IPR-União; a variabilidade genética foi maior com o aumento do número de subcultivos. Os primers para IRAP e REMAP desenhados no presente estudo podem ser recomendados para monitorar a estabilidade em clones de mandioca propagados in vitro.
Palavras-chave	meristema apical, IRAP, REMAP, clonagem
Title
Abstract	Current study establishes appropriate conditions for the clonal multiplication of cassava varieties (Manihot esculenta Crantz) with agronomic and industrial interest, free of the Cassava Common Mosaic Virus (CsCMV), and monitors the genetic stability of clones by molecular markers. Meristem-tips from seven cassava varieties (Baianinha, Fécula Branca, Icaraíma, IPR União, Olho junto, Pioneira e Tamboara) were employed to obtain the clones. They were inoculated in culture medium with different concentrations, types of auxin and different concentrations of 6-benzyladenine and gibberellin. The clones of the different varieties were established in culture media with different auxins. Texts PTA-ELISA and IC-RT-PCR (Immunocapture of CsCMV virions) were used for virus indexing. Twelve primers based on the LTR (Long Terminal Repeat) of retrotransposons were designed to monitor genetic stability: IRAP (Inter-Retrotransposon Amplified Polymorphism) and REMAP (Retrotransposon-Microssatellite Amplified Polymorphism), suitable for analyzing the DNA sequences of varieties Olho Junto, Fécula Branca, Tamboara and IPR-União. The REMAP and IRAP primers were employed with primers to a simple sequence repeat contained in expressed sequences of DNA (EST-SSR) in the cassava genome, to investigate the possibility of induction of somaclonal variation in the clones. The polymorphism in DNA sequences, amplified with primers IRAP and REMAP, was more than three times greater than the polymorphism detected by the EST-SSR primers in clones of the varieties Fécula Branca, Olho Junto and IPR-União. Genetic variability was greater with the increasing number of subcultures. IRAP and REMAP primers designed for current study may be recommended to monitor the stability propagated in in vitro cassava clones.
Key-words	Meristem-tip, IRAP, REMAP and cloning
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