Tese
Título	Associação genômica de marcadores SNPs para a resistência da soja à Meloidogyne incognita.
Autor	Lazzari, Fabiane
Unidade	Pós-Graduação em Genética e Melhoramento
Área de Concentração	Genética e Melhoramento
Orientador	Ivan Schuster
Co-Orientador(es)	Carlos Alberto Scapim e Ronald Barth Pinto
Banca Examinadora	Tatiane Cristina Albuquerque Alves Tatiane Dalla Nora Montecelli Carlos Alberto Scapim Adilson Ricken Schuelter
Data de Defesa	28/03/2014
Resumo	Nematoides de galhas Meloidogyne incognita são de ampla ocorrência e responsáveis por perdas significativas na produção de soja. Cultivares resistentes, em combinação com rotação de cultura com espécies não hospedeiras, são fatores importantes na redução das perdas de produção causadas por nematoides de galhas. Por isso, estudos de identificação de genes associados à resistência à doenças são muito relevantes. Durante muito tempo, os estudos de mapeamento foram estritamente baseados na análise de ligação gênica. Recentemente, métodos baseados em desequilíbrio de ligação, associados a indivíduos não aparentados têm sido recomendados como ferramentas poderosas para produzir estimativas refinadas de localização de genes. Marcadores SNPs associados a genes ou QTLs de resistência aos nematoides podem ser ferramentas muito promissoras e trazer muitas vantagens para seleção de plantas dentro de programas de melhoramento. Neste trabalho, foi realizada a genotipagem ampla em soja, utilizando um ensaio com 6000 SNPs para encontrar QTLs associados à resistência à M. incognita utilizando a análise de associação genômica. Os marcadores associados foram validados em cultivares de soja comercialmente importantes no Brasil. Dois QTLs foram identificados, um de maior efeito no cromossomo 10 e outro de menor efeito no cromossomo 13. O marcador Gm10_1586434_T_C, localizado no cromossomo 10, foi validado e está fortemente associado ao QTL de resistência à M. incognita. Ele apresentou 92,19% de acertos na seleção e, em conjunto com a avaliação fenotípica, 99,22% de eficiência. O marcador associado localizado no cromossomo 13 apresentou 73% de acertos das notas. Os resultados obtidos neste trabalho indicam que o QTL identificado no cromossomo 10 é o gene Rmi1 relatado na literatura e quase todas as cultivares resistentes neste trabalho apresentam este gene. Os marcadores associados identificados podem ser utilizados para estabelecer um eficiente programa de seleção assistida para resistência da soja ao nematoide M. incognita em soja.
Palavras-chave	QTLs, SNPs, nematoides de galhas, soja.
Title
Abstract	Root knot nematode Meloidogyne incognita are widely spread and responsible for significant losses in soybean production. Resistant cultivars in combination with crop rotation with non- host species, are important factors in reducing production losses caused by root knot nematode. Therefore, studies to identify genes associated with disease resistance are very important. For a long time, the mapping studies were strictly based on the analysis of genetic linkage. Recently, methods based on linkage disequilibrium associated with unrelated individuals has been recommended as powerful tools for producing refined estimates of location of genes. Markers SNPs associated with genes or QTLs for resistance to nematodes can be very promising tools and bring many advantages for plant selection in breeding programs. In this work, the wide genotyping was performed in soybean using a test with 6000 SNPs to find QTLs associated with resistance to M. incognita using analysis of genomic association. The associated markers were validated on cultivars of commercially important soybean in Brazil. Two QTLs were identified, one of major effect on chromosome 10, and other lesser effect on chromosome 13. The Gm10_1586434_T_C marker located on chromosome 10 has been validated and is strongly associated with QTL for resistance to M. incognita. This marker showed 92.19% accuracy in selection and, together with the phenotypic evaluation, 99.22% efficiency. The associated marker located on chromosome 13 showed 73% of correct notes. The results of this study indicate that the QTL identified on chromosome 10 is Rmi1 gene reported in the literature, and probably almost all resistant cultivars with this gene in this work. The associated markers identified can be used to establish an efficient program assisted selection for resistance to M. incognita in soybean.
Key-words	QTLs, SNPs, root-knot nematodes, soybean
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