Terça, 18 de junho de 2024.
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Dissertação
Título Identidade genética em locos de SSR e EST-SSR na cultivar RB92579 de cana-de-açúcar (Saccharum spp.) cultivada nos estados do Paraná e Mato Grosso do Sul
Autor Desordi, Rodrigo
Unidade Pós-Graduação em Genética e Melhoramento
Área de Concentração Genética e Melhoramento
Orientador Claudete Aparecida Mangolin
Co-Orientador(es) Maria de Fátima Pires da Silva Machado
Banca Examinadora Hugo Zeni Neto
João Carlos Bespalhok Filho
Data de Defesa 16/12/2015
Resumo O objetivo do presente trabalho foi avaliar 92 amostras de cana-de-açúcar quanto à sua uniformidade genética, em quatro locos de SSR e oito locos de EST-SSR na cultivar RB92579, coletadas nos estados do Paraná-PR e Mato Grosso do Sul-MS. Destes, seis locos (EstC80, Smc226CG, EstC69, EstB58, mSSCIR52 e EstC45) apresentaram polimorfismo enquanto os outros seis locos (Smc2007, EstC119, EstC84, Smc477CG, EstC113 e EstB149) foram monomórficos. Portanto, a proporção de locos polimórficos foi de 50%. Os locos monomórficos podem ser recomendados para fingerprint da cultivar RB92579 como ferramenta auxiliar nos processos de identificação varietal tradicionais. Para os 12 locos, foram encontrados 25 alelos com uma média de 2,08 alelos por loco analisado. O número de alelos em sequências simples repetidas que são expressas (EST-SSR) foi menor (2,0 alelos por loco) que o número de alelos em sequências simples repetidas de locos não expressos (2,25 alelos por loco). Os valores de heterozigosidade esperada (He) e do índice informativo de Shannon (I) foram discretamente maiores para as amostras de RB92579 cultivadas no Paraná (He= 0,098 e I= 0,1455) do que para as amostras cultivadas no Mato Grosso do Sul (He= 0,086 e I= 0,1327). A análise de variância molecular mostrou que a maior porcentagem de variação genética (96%) está dentro das amostras das duas localidades, enquanto que, entre as amostras de Mandaguaçu-PR e Angélica–MS, a variância molecular foi de apenas 4%. A análise da estrutura genética mostrou que a cultivar RB92579 é formada por um conjunto de plantas que contém alelos de três grupos ancestrais (K= 3) nos locos analisados. Observa-se pouca mistura de alelos; 80,44% das plantas avaliadas tem mais de 90% de somente um dos três genomas e somente 19,56% das plantas apresentam mistura em diferentes proporções de dois ou três genomas ancestrais. O loco EstC69, que supostamente codifica para a enzima celulose sintase-6, possui 2 alelos; o índice informativo de Shannon (I) para este loco foi de 0,5850, a heterozigosidade esperada (He) foi de 0,3958 e a heterozigosidade observada (Ho) foi de 0,5435. O FIS para este loco foi de -0,4145, indicando um excesso de heterozigotos. A identidade genética entre as amostras de cana-de-açúcar dos dois locais de coleta foi de 0,997, indicando altíssima similaridade genética. Pode-se inferir que os procedimentos realizados pela indústria sucroalcooleira podem ser os mesmos para as amostras da cultivar RB92579 provenientes de Mandaguaçu-PR e de Angélica-MS.


Palavras-chave uniformidade genética, fingerprint, genomas ancestrais, cana-de-açúcar.
Title
Abstract The objective of this study was to evaluate 92 samples of sugarcane about their genetic uniformity in four loci SSR and eight loci EST-SSR in the variety RB92579, collected in Paraná and Mato Grosso do Sul state. These six loci (EstC80, Smc226CG, EstC69, EstB58, mSSCIR52 and EstC45) presented polymorphism while the other six loci (Smc2007, EstC119, EstC84, Smc477CG, EstC113 and EstB149) were monomorphic; therefore the proportion of polymorphic loci was 50%. Monomorphic loci can be recommended for fingerprint cultivar RB92579 as an auxiliary tool to the traditional varietal identification processes. For the 12 loci, 25 alleles were found with an average of 2.08 alleles per locus analyzed. The number of alleles at single repeated sequences which are expressed (EST-SSR) was lower (2.0 alleles per locus) than the number of alleles at loci single repeated sequences which are not expressed (2.25 alleles per locus). The expected heterozygosity values (He) and Shannon information index (I) were slightly higher for samples of RB92579 grown in Paraná (He = 0.098 and I = 0.1455), than the samples grown in Mato Grosso do Sul (He = 0.086 and I = 0.1327). The molecular variance analysis showed that the highest percentage of genetic variation (96%) is within the samples of the two populations, while among these samples of Mandaguaçu-PR and Angelica-MS the molecular variance was only 4%. The analysis of the genetic structure showed that the variety RB92579 is formed by a set of plants containing ancestral alleles of three groups (K = 3) in the analyzed loci. It was observed little mixing of alleles, 80.44% of the evaluated plants have more than 90% of only one of the three ancestral genomes; only 19.56% of the plants have mixing in different proportions two or three ancestral genomes. The EstC69 loci, which encodes the cellulose synthase-6 enzyme, has two alleles. The Shannon information index (I) for this locus was 0.5850, the expected heterozygosity (He) was 0.3958, and observed heterozygosity (Ho) was 0.5435. The FIS for this locus was -0.4145, indicating an excess of heterozygotes. The genetic identity between samples of sugarcane of the two collection places calculated for the 12 loci was 0.997, indicating high genetic similarity, so it can be inferred that the procedures carried out by the sugar industry may be the same for RB92579 variety of samples from Mandaguaçu-PR and Angelica-MS.

Key-words genetic uniformity, fingerprint, ancestral genomes, sugar cane
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