Sexta, 19 de agosto de 2022.
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Tese
Título Mapeamento associativo com genotipagem por sequenciamento para resistência à podridão da espiga por Fusarium verticillioides em acessos de milho comum e pipoca
Autor Coan, Marlon Mathias Dacal
Unidade Pós-Graduação em Genética e Melhoramento
Área de Concentração Genética e Melhoramento
Orientador Ronald José Barth Pinto
Co-Orientador(es) Carlos Alberto Scapim
Banca Examinadora Ronald José Barth Pinto
Marcos Ventura Faria
Leandro Simões Azeredo Gonçalves
Hugo Zeni Neto
Data de Defesa 19/12/2016
Resumo A podridão de espiga por Fusarium (F.verticillioides) é uma das doenças mais prevalentes no milho em todo o mundo, e considerada a de maior impacto econômico sobre esta cultura. A severidade da podridão de espiga é uma característica altamente complexa, pois tem controle poligênico de pequeno efeito, baixa herdabilidade e além do mais, é fortemente influenciada pelas condições ambientais. O objetivo deste estudo foi identificar as regiões genômicas, SNPs e supostos genes candidatos associados a resistência à podridão de espiga e starburst causadas. Realizou-se um estudo de associação genômica ampla para estas características avaliadas em três ambientes com um total de 177 linhagens endogâmicas e um conjunto de 267.525 nucleotídeos únicos polimórficos (SNPs) de alta qualidade, por meio de genotipagem por sequenciamento. Foi descoberto um conjunto de 17 SNPs significativos que estão contidos dentro de genes ou posições adjacentes. A maioria desses genes candidatos tem funções como sinalização para a defesa da planta, outros atuam como reguladores de hormônios expressos sob condições de estresse biótico e abiótico, além disso vários genes estão codificando enzimas, tais como Cis-zeatin O-beta-D-glucosyltransferase, Flavonol, Zinco – proteínas de envelopamento, G proteína, Phosphoribosylanthranilate transferase, proteína de ligação Ubiquitina / proteína de envelopamento - íon de Zinco. Além disso, cada um desses SNPs explicou uma proporção considerável da variância fenotípica entre 15,3% - 24,9%. Uma vez que estes SNPs são validados, eles serão úteis para seleção assistida por marcadores.

Palavras-chave GWAS, desiquilíbrio de ligação, genotipagem por sequenciamento, podridão de espiga, SNP.
Title
Abstract Fusarium ear rot (F.verticillioides) is one of the most prevalent diseases in maize worldwide, and considered the diseases that have the greatest economic impact on this cereal crop. Fusarium ear rot is a highly complex trait, because under polygenic control with minor effects, low heritability and strongly influenced by environmental conditions. The aim this study was identify genomic regions, SNPs, and putative candidate genes associated with for their responses to fusarium ear rot and starburst. We conducted a genome-wide association study to Fusarium ear rot and Starbust symptom to three environments with 177 inbred lines with a set of 267,525 K high-quality polymorphic SNPs from the genotyping by sequencing data. We were able to found a set of 17 significant SNPs they were either containing within genes or adjacent, with some regions co-localizing to previously reported linkage QTL, while others were novel. Most of the candidate genes are part of the signaling pathway for defense, others act as regulator of expression hormones under biotic and abiotic stress condition, moreover several genes are encoding enzymes which participates in many processes defensin proteins, such as Cis-zeatin O-beta-D-glucosyltransferase, Flavonol, Zinc-Binding proteins, G protein, Phosphoribosylanthranilate transferase, Ubiquitin-protein ligase/zinc ion binding protein. Additionally, each of these SNPs explain a considerable proportion of the phenotypic variance 15.3% - 24.9%. Once these SNPs are validated, they will be useful for Marker–assisted selection.
Key-words GWAS, linkage disequilibrium, genotyping by sequencing, Fusarium ear rot, SNP.
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