Tese
Título	Mapeamento associativo para podridão da espiga causada por Aspergillus flavus empregando marcadores SNPs em linhagens tropicais de milho.
Autor	Bertagna , Filipe Augusto Bengosi
Unidade	Pós-Graduação em Genética e Melhoramento
Área de Concentração	Genética e Melhoramento
Orientador	Carlos Alberto Scapim
Co-Orientador(es)	Carlos Alberto Scapim
Banca Examinadora	Ronald José Barth Pinto Hugo Zeni Neto Leandro Simões Azeredo Gonçalves Rodrigo Iván Contreras Soto
Data de Defesa	28/02/2020
Resumo	A maioria dos híbridos comerciais de milho é suscetível à infecção por Aspergillus flavus, o que em última instância, leva a níveis altos e inseguros de aflatoxina sob condições ambientais que favorecem o crescimento de fungos e a esporulação. A exposição a longo prazo a doses subletais de aflatoxina tem sido associada a câncer de fígado, atraso no crescimento durante a infância e depressão do sistema imunológico. Assim, os objetivos desta pesquisa incluem a identificação e o mapeamento de regiões cromossômicas, e genes associados à resposta de resistência do milho à podridão da espiga causada por Aspergillus flavus, com o uso de marcadores SNPs, em linhagens de milho tropical por meio de estudos de associação genômica ampla - GWAS. Neste trabalho, foi conduzido um estudo de GWAS com dados fenotípicos em dois ambientes em um painel de 320 linhagens de milho comum e de milho pipoca. Foi utilizado um conjunto de 291.633 SNPs polimórficos de alta qualidade obtidos usando genotipagem por sequenciamento. Os experimentos foram realizados no delineamento alfa látice. A severidade da podridão da espiga causada por Aspergillus flavus foi avaliada após a colheita dos materiais. Foram identificados oito SNPs significativamente associados com podridão da espiga ocasionada por Aspergillus flavus, alguns dos quais localizados em regiões com QTL previamente relatados, e alguns em novas regiões genômicas. A variância total explicada (r2) pelos oito SNPs associados à severidade da podridão da espiga causada por A. flavus foi de 54%, e a variação explicada por cada SNP variou de 5% a 26%. Os modelos de genes candidatos GRMZM2G054509, GRMZM5G840145, GRMZM2G014729, GRMZM2G050108, GRMZM2G435261, GRMZM2G135341, GRMZM2G097854, GRMZM2G097841 e GRMZM2G097841, são candidatos promissores, uma vez que foram previamente identificados desempenhando um papel importante na resposta do milho ao estresse abiótico e biótico.
Palavras-chave	GWAS, genotipagem por sequenciamento, SNP, Zea mays L.
Title
Abstract	Most commercial maize hybrids are susceptible to Aspergillus flavus infection, which ultimately leads to high and unsafe levels of aflatoxin under environmental conditions favoring fungal growth and sporulation. Long term exposure to sublethal doses of aflatoxin has been linked to liver cancer, stunted growth during childhood and depressed immune systems. Thus, the objectives of this research includes, identifying and mapping chromosomal regions and genes associated to the maize response to Aspergillus flavus ear rot resistance, with the use of SNPs markers, in tropical maize inbred lines through genome-wide association studies - GWAS. A genome-wide association study was carried out with phenotypic data in two environments on a panel of 320 tropical field corn and popcorn inbred lines, and a set of 291,633 high-quality polymorphic SNPs generated using genotyping by sequencing. The experimental design was an alpha-lattice incomplete block, and the A. flavus ear rot disease severity was evaluated after harvest time. We identified eight SNPs significantly associated with Aspergillus flavus ear rot, some of which co-localized in previously reported QTL regions, and some of which were novel. The total variance explained (r2) by the eight SNPs associated with Aspergillus flavus ear rot severity was 54%, and the variance explained by each SNP ranged from 5% to 26%. The linked gene models GRMZM2G054509, GRMZM5G840145, GRMZM2G014729, GRMZM2G050108, GRMZM2G435261, GRMZM2G135341, GRMZM2G097854, GRMZM2G097841, GRMZM2G097841 are promising candidates, because they were previously identified, playing an important role in corn response to abiotic and biotic stress, through signaling pathways, which contribute significantly to plant defense signaling and to protect plants from attack.
Key-words	GWAS, genotyping by sequencing, SNP, Zea mays L
Arquivos	Nome Tamanho d-fabbertagna.pdf 1.716,46 KB

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