Tese
Título	Detecção e diferenciação do Cotton leafroll dwarf virus infectando algodoeiros cultivados no Centro-Oeste do Brasil e produção de clones infecciosos do vírus
Autor	Manenti , Danielle Caroline
Unidade	Pós-Graduação em Genética e Melhoramento
Área de Concentração	Genética e Melhoramento
Orientador	Eliezer Rodrigues de Souto
Co-Orientador(es)	Adriana Gonela
Banca Examinadora	Adriana Gonela Anderson Rotter Meda Taise Bijora Tatsuya Nagata,
Data de Defesa	05/03/2020
Resumo	A doença azul do algodoeiro, associada ao Cotton leafroll dwarf virus (CLRDV), tem causado perdas significativas na cultura, comprometendo a produção e a qualidade da fibra produzida, principalmente após o surgimento da doença atípica. Experimentalmente o CLRDV tem sido transmitido para o algodoeiro através do inseto Aphis gossypii, o que dificulta estudos das interações planta/patógeno e a avaliação de cultivares na busca de resistência à doença. Os objetivos desse trabalho foram: padronizar um método molecular para a detecção do CLRDV, capaz de distinguir as formas virais associadas à doença azul típica e atípica, e produzir clones infecciosos para ambas, utilizando o método Gibson Assembly (GA). Diferentes métodos de extração de RNA total foram testados, entretanto, apenas o método de extração por adsorção em sílica, a partir de folhas desidratadas em sílica gel, proporcionou melhor detecção por RT-PCR. Sondas e primers específicos foram obtidos para a detecção diferenciadora do CLRDV e CLRDV-atípico (-at), através da RT-qPCR. Foram obtidos clones infecciosos do genoma completo do CLRDV (clones 8, 22, e 27) e CLRDV-at (clones 30, 32, e 37), para os quais foi testada a agroinfiltração através de seringa, palito e ao vácuo, sendo o último, o mais eficiente.
Palavras-chave	Gossypium hirsutum, Polerovirus, RT-qPCR
Title
Abstract	Cotton blue disease associated with Cotton leafroll dwarf virus (CLRDV), causes significant cotton crop losses compromising cotton fiber quality and production, mainly after the appearance of the atypical disease. Experimentally, CLRDV is transmitted to cotton through the insect Aphis gossypii, which makes it difficult to study plant/pathogen interactions and cultivar evaluations in search of resistance to the disease. The objectives of this work were: to standardize a molecular method for detection of CLRDV, able to distinguish the viral forms associated with typical and atypical blue disease, and to produce infectious clones for both, using the Gibson Assembly (GA) method. Different methods for total RNA extraction were tested, however, only the extraction method by adsorption on silica, from dehydrated leaves on silica gel, provided better detection by RT-PCR. Specific probes and primers were obtained for the differentiating detection of CLRDV and CLRDV-atypical (-at), using RT-qPCR. Infectious clones of the complete genome of CLRDV (Clones 8, 22, and 27) and CLRDV-at (Clones 30, 32, and 37) were obtained for which agro-infiltration was tested by means of a syringe, toothpick and vacuum, being the last, the most efficient.
Key-words	Gossypium hirsutum, Polerovirus, RT-qPCR
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