Segunda, 10 de dezembro de 2018.
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Dissertação
Título Análise da estrutura e mapeamento de sítios de DNA “bent” em promotores de genes de secreção em insetos
Autor Gouveia, Fabiana de Souza
Unidade Pós-Graduação em Genética e Melhoramento
Área de Concentração Genética e Melhoramento
Orientador Profª Drª Maria Aparecida Fernandez
Co-Orientador(es) Profª Drª Claudete Aparecida Mangolin
Profª Drª Maria Claudia Colla Ruvolo Takasusuki
Banca Examinadora Profª Drª Maria Aparecida Fernandez
Profª Drª Adriana Fiorini
Profª Drª Maria Albertina de Miranda Soares
Data de Defesa 14/12/2006
Resumo Sciaridae é uma importante família de moscas também conhecidas como "fungus gnat", em sua maioria são pestes de vegetais e fungos. No Brasil, algumas espécies são mantidas em laboratório e utilizadas para pesquisa tais como: "Bradysia hygida", "Trichosia pubescens" e "Rhynchosciara americana". O sciarídeo "Rhynchosciara americana" é um importante modelo biológico para estudos de transcrição e replicação em domínios amplificados. Estudos na região amplificada do pufe de DNA C3 da glândula salivar demonstraram processos de replicação diferencial e de transcrição no segmento que comporta o gene C3-22. Os objetivos do presente trabalho foram: investigar a presença de sítios de DNA "bent" intrínsecos em um segmento de 6132 pares de bases (pb), que contém seqüências à montante e à jusante do gene C3-22 e comparar sítios de DNA "bent" na região promotora dos genes de proteínas de secreção de C3-22 e B2 de "Rhynchosciara americana", BhC4-1 e BhB10 de "Bradysia hygida", Sgs3 e Sgs5 de "Drosophila melanogaster", TpC4 de "Trichosia pubescens", II9-2 de "Sciara coprophila" e Fib-H de "Bombyx mori". O fator principal da curvatura intrínseca é a presença de trechos de dA/dT, repetidos de 2 a 6 pb, em uma volta da hélice de DNA, ou intervalos múltiplos de 10 pb. Embora a função desta estrutura não esteja completamente esclarecida, é discutido se a curvatura intrínseca é necessária para regular a transcrição. Utilizando os programas computacionais Map15a e 3D15m1 foram calculados parâmetros helicais, ângulos "Roll", "ENDS ratio", "Twist" e "Direction" e foram obtidas projeções 2D de seqüências de aproximadamente 600 bp que contém promotores de genes. Os resultados indicaram a presença de sítios de DNA "bent" na região promotora (b-3, b-2 e b-1) e à jusante (b+1) do gene C3-22 de "R. americana". Esses sítios apresentaram parâmetros helicais que confirmaram segmentos curvos e com superenrolamento negativo. A análise de nove promotores de genes de insetos que produzem proteínas de secreção, demonstrou que estas regiões tem estruturas e parâmetros helicais similares, indicando que a curvatura intrínseca, dependente da seqüência, pode ser uma característica conservada de seqüências TATA-box nesses organismos.
Palavras-chave Estrutura de promotores eucarióticos; Gene C3-22; DNA bent
Title Structural Analysis and Bent DNA Sites Mapping on Promoters from Insect Secretion Genes.
Abstract Sciaridae is an important family of flies also knows as fungus gnat, that mostly are pests of vegetables and fungus. In Brazil, there are three species breed at research laboratories, Bradysia hygida, Trichosia pubescens and Rhynchosciara americana. The sciarid Rhynchosciara americana is an important biological model for studies of transcription and replication within an amplified domain. Studies on the salivary gland C3 DNA puff amplified region showed process of differential replication and of transcription in the C3-22 gene segment. The objectives of this work were: to investigate intrinsic bent DNA sites in a 6126 base pair (bp), that contains the C3-22 gene and upstream and downstream sequences, and to compare bent DNA sites in the promoter region of the secreted genes Rhynchosciara Americana C3-22 and B2; Bradysia hygida BhC4-1 and BhB10; Drosophila melanogaster Sgs3 and Sgs5; Trichosia pubescens TpC4; Sciara coprophila II9-2 and Bombyx mori Fib-H. The main factor of intrinsic curvature is the presence of dA/dT tract, repeated from 2 to 6 bp, in a helical turn phase DNA with or multiple intervals of 10 bp. Although the function of this structure is not completely known, is discussible if the intrinsic curvature is necessary to regulate the transcription. Using Map15a and 3D15m1 software were calculated the helical parameters: Roll angle, ENDS ratio, Twist and Direction and were obtained 2D projections from sequences with approximately 600 bp that contains the gene promoter. The results indicated bent DNA sites in the flanking (b-1 and b+1) and promoter (b-3, b-2 e b-1) regions of the R. americana C3-22 gene. These sites showed helical parameters that confirms curved and negative supercoil segments. The analysis of eight more insects genes promoters that produces secreted proteins, demonstrated that these regions have similar structures and helical parameters, indicating that the intrinsic curvature, sequence dependent, may be a conserved characteristic of TATA-box regions in insects secretion protein genes.
Key-words Eukaryotic promoters structures; Rhynchosciara americana; C3-22 gene; Bent DNA sites
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